Alles scheint normal im Jahre 2050, als ein kleiner Junge die Straßen von Illumina City entlang ging. Ein plötzlicher Knall lässt die Menschen zum Himmel auf sehen. Ein grüner Strahl kommt der Erde bedrohlich nahe, explodiert jedoch. Durch die Explosionen fallen Pokemon von Himmel herab.
Diese Pokemon sind anders, sie können sprechen und gehen auf Missionen.
Eine große Aufregung herrscht unter den Menschen und keiner versteht was los ist. Die Professoren jeder Region schließen sich zusammen und gehen dem nach. Schnell finden sie heraus das die Pokemon aus einer Parallelwelt kommen und selbst nicht wissen warum sie hier sind.
Was keiner weiß ist das die Verbrecherbande Mystic Faith schuld an dieser Lage ist. Denn diese wollten gerade heraus finden was für Universen und Parallelwelten es gibt und wollten diese unterwerfen, als ein Forscher unbeabsichtigt einen falschen Code in den Laser eingibt. Der Laser wurde sofort abgefeuert und der grüne Lichtstrahl veränderte die Situation aller Menschen.
Das ist mittlerweile 5 Jahre her und so langsam haben sich die Menschen und Pokemon an die jetzige Situation gewöhnt. Die Pokemon haben Gilden gegründet und gehen weiter ihren Erkundungsarbeiten nach.
Doch Mystic Faith ist mit der neuen Situation nicht zufrieden, sie wollen die Pokemon und Gilden auf ihre Seite ziehen und die Arenaleiter,Top 4 und den Champ unterwerfen. Die neue Ära des Mystic Faiths soll eine Welt frei von Kämpfen und fangen von und mit Pokemon schaffen.
Auf wessen Seite wirst du kämpfen? Auf der guten oder auf der bösen?